Nacido en 1964 en Vigo, Julio Luis Martínez ingresó en la Compañía de Jesús en 1982. Fue ordenado sacerdote el 1 de julio de 1995 en Vigo hizo la Tercera Probación en Salamanca y pronunció sus últimos votos en la Compañía de Jesús en Madrid en 2004.
Doctor en Teología por la Universidad Pontificia Comillas (2000); Licenciado en Ética Teológica por la Weston School of Theology, Cambridge, USA (1996) y Licenciado en Filosofía por la Universidad Pontificia Comillas (1989), ha sido director de la Cátedra de Bioética, del Instituto Universitario de Estudios sobre Migraciones, del Departamento de Teología Moral y Praxis de la Vida Cristiana y Vicerrector de Investigación, Desarrollo e Innovación de la misma universidad.
Actualmente es profesor ordinario de Teología Moral en la Facultad de Teología y de Filosofía Social y Política en la Facultad de Ciencias Humanas y Sociales de la Universidad Pontificia de Comillas.
También ha dirigido siete tesis doctorales y pronunciado cursos y conferencias en diversos lugares de Europa y América. En Argentina ha sido profesor invitado durante años en las Facultades de Teología y Filosofía de San Miguel, de las que fue rector el Papa Francisco. Su área principal de estudio e investigación gira desde hace décadas en torno a la cuestión de la religión en la vida pública y de las relaciones entre liberalismo y catolicismo, temas de moral social y asuntos como la ciudadanía y la integración de las sociedades pluriculturales y plurirreligiosas.
En junio de 2014 fue elegido vicepresidente de la Conferencia de Rectores de las Universidades Españolas (CRUE), que abarca al conjunto de las universidades públicas y privadas de España. Es rector de la Universidad Pontificia Comillas desde 2012.