Nació en Madrid en marzo de 1537. Su familia pertenecía a la alta nobleza de la corte. Hija de Bernardino de Ugarte, “aposentador mayor del emperador Carlos V” y de doña Isabel de Sarabia, camarista en su juventud de la reina doña Isabel, esposa del rey don Felipe II.
En 1567 ingresaba en la Concepción Franciscana de Madrid, a la edad de 30 años. Después de consolidar o de reformar el monasterio naciente de Corral de Almaguer y luego el de Santa Úrsula de Alcalá de Henares, y de ejercer el oficio de Abadesa en el propio monasterio de la Concepcionistas Franciscanas, concibió el proyecto de fundar una nueva comunidad de Concepcionistas Descalzas o Recoletas, de mayor rigor y estrechez de observancia.
El principal personaje del que se valió la Providencia para una empresa tan ardua fue un curioso personaje de la corte, popularmente conocido bajo el nombre de “Caballero de Gracia”. En la vigilia de la Epifanía del año 1603 nacía el monasterio de San José de Jesús-María del Caballero de Gracia.
La Madre María San Pedro murió el 22 de mayo de 1609. La Iglesia ha reconocido la heroicidad de sus virtudes.